W kwestii rozumienia pierwszej i drugiej części tajemnicy dokument zwraca uwagę na zasadniczą ideę zbawienia dusz, które ma się dokonać przez kult Niepokalanego Serca Maryi. Tym samym Maryja jawi się tu niczym pośredniczka do Pośrednika. Kard. Ratzinger zatem wyjaśnia: “gdyby ktoś podniósł zastrzeżenie, że nie powinniśmy jednak stawiać istoty stworzonej między nami a Chrystusem, należałoby przypomnieć, iż Paweł nie wahał się powiedzieć do swoich wspólnot: naśladujcie mnie! (1Kor 4,16; Flp 3,17; 1Tes 1,6; 2Tes 3,7.9). Na przykładzie Apostoła mogą się one namacalnie przekonać, co znaczy iść za Chrystusem. My natomiast od kogóż moglibyśmy uczyć się tego w każdej epoce lepiej niż od Matki Chrystusa?” (s.39).
Jak jednak należy interpretować trzecią część tajemnicy? Jej znaczenie odsłania po części s. Łucja w swoim liście skierowanym 12 maja 1982 roku do papieża Jana Pawła II: “Trzecia część tajemnicy odnosi się do słów Matki Bożej: 'jeżeli nie, Rosja rozszerzy swoje błędne nauki po świecie, wywołując wojny i prześladowania Kościoła. Dobrzy będą męczeni, Ojciec Święty będzie bardzo cierpieć, wiele narodów zostanie zniszczonych' (13 VII 1917).
Trzecia część tajemnicy jest symbolicznym objawieniem, odnoszącym się do tej części Orędzia, która spełni się zależnie od tego, czy przyjmiemy żądania zawarte w samym Orędziu: 'Jeżeli (...) me życzenia spełnią, Rosja nawróci się i zapanuje pokój, jeżeli nie, (...) rozszerzy swoje błędne nauki po świecie' itd.
Ponieważ nie przyjęliśmy tego wezwania zawartego w Orędziu, jesteśmy świadkami jego spełnienia, a Rosja rzeczywiście zalała świat swoimi błędami. A chociaż nie oglądamy jeszcze całkowitego wypełnienia się ostatniej części tego proroctwa, widzimy, że stopniowo zbliżamy się do niego wielkimi krokami. Nastąpi ono, jeżeli nie zawrócimy z drogi grzechu, nienawiści, zemsty, niesprawiedliwości, łamania praw człowieka, niemoralności, przemocy itd.
I nie mówmy, że to Bóg tak nas karze; przeciwnie, to ludzie sami ściągają na siebie karę. Bóg przestrzega nas cierpliwie i wzywa do powrotu na dobrą drogę, szanując wolność, jaką nam podarował; dlatego to ludzie ponoszą odpowiedzialność”.
Papież Jan Paweł II odwołał się ponownie do wyjaśnień s. Łucji pisząc do niej w kwietniu 2000 roku list następującej treści: “Czcigodna Siostra Maria Łucja, Klasztor w Coimbrze. W radości świąt paschalnych pozdrawiam Siostrę słowami, jakie Chrystus zmartwychwstały skierował do uczniów: «Pokój z tobą!». Z radością spotkam się z Siostrą w dniu oczekiwanej od dawna beatyfikacji Franciszka i Hiacynty, których - jeśli Bóg pozwoli - ogłoszę błogosławionymi 13 maja tego roku. Zważywszy jednak, że nie będzie wówczas czasu na rozmowę, a jedynie na krótkie spotkanie, zleciłem Jego Ekscelencji abpowi Tarcisio Bertone, Sekretarzowi Kongregacji Nauki Wiary, aby odbył rozmowę z Siostrą. Kongregacja najściślej współdziała z Papieżem w obronie prawdziwej wiary katolickiej i - jak Siostrze wiadomo - przechowywała od 1957 r. rękopis listu Siostry , zawierający trzecią część tajemnicy, objawionej 13 lipca 1917 r. w Cova da Iria w Fatimie. Abp Bertone przybędzie wraz z ordynariuszem Leirii, Jego Ekscelencją bpem Serafimem de Sou-sa Ferreira e Silva, aby w moim imieniu zadać Siostrze kilka pytań dotyczących interpretacji «trzeciej części tajemnicy». Proszę czcigodną Siostrę, aby zechciała rozmawiać otwarcie i szczerze z abpem Bertone, który przekaże Siostry odpowiedzi mnie osobiście. Modlę się gorąco do Matki Zmartwychwstałego w intencji czcigodnej Siostry, Wspólnoty w Coimbrze i całego Kościoła. Maryja, Matka pielgrzymującej ludzkości, niech zachowa nas zawsze w jedności z Jezusem, swoim umiłowanym Synem i naszym Bratem, Panem życia i chwały. Ze specjalnym Błogosławieństwem Apostolskim. Watykan, 19 kwietnia 2000 r.”.
